Linux
스타터팩

계산화학을 시작하면 첫 주 안에 검은 터미널 창과 마주친다. 이 가이드는 그 창에서 길을 잃지 않을 만큼의 Linux를 다룬다. 터미널 준비, 파일과 권한, 원격 접속, 클러스터에 첫 작업을 올리는 데까지 간다.

대상 Linux와 계산화학 입문자 · 셸 bash · 환경 Windows(WSL) · macOS · Linux

이 가이드에 관하여

ORCA, Quantum ESPRESSO, LAMMPS 같은 프로그램은 대부분 Linux 클러스터에서 돈다. 입력 파일을 올리고, 작업을 제출하고, 끝난 출력을 받아 오는 일은 전부 터미널에서 한다. 명령어를 수백 개 외울 필요는 없다. 매일 쓰는 것은 스무 개 남짓이고, 나머지는 필요할 때 찾아보면 된다.

각 장은 앞 장을 안다고 가정하고 쓰였다. 처음이라면 01장부터 순서대로 읽고, 이미 터미널이 익숙하다면 06장(ssh)이나 09장(HPC)으로 바로 넘어가도 된다. 반복 작업을 스크립트로 묶는 법은 셸 스크립팅 가이드에 따로 정리했다.

주제별로 들어가기

터미널 준비

Windows는 WSL, macOS는 기본 터미널. 첫 명령까지.

파일과 디렉터리

경로, 이동, 복사와 삭제, 와일드카드.

파일 보기와 편집

less, head, tail, grep 맛보기, nano와 vim 최소한.

04 · PERMISSIONS

rwx 읽는 법, chmod, 실행 권한이 필요한 이유.

05 · PROCESSES

프로세스와 환경 변수

top과 kill, PATH, .bashrc, 백그라운드 실행.

ssh 접속과 키

키 만들기, ~/.ssh/config, 비밀번호 없이 접속하기.

scp와 rsync, 필요한 파일만 골라 받기.

접속이 끊겨도 살아 있는 세션, 창 나누기.

로그인 노드와 계산 노드, module, conda, 첫 작업 제출.

쓸 만한 프로그램

편집기, 시각화, 모니터링, 파일 찾기 도구.

11 · CHEAT SHEET

자주 쓰는 명령을 한 장에.

표기

코드 상자에서 $로 시작하는 줄은 입력하는 명령이고, 그 아래는 출력이다. $는 입력하지 않는다. <파일>처럼 꺾쇠로 감싼 부분은 자기 상황에 맞게 바꿔 넣는다.

$ pwd
/home/kim

막혔을 때

명령 대부분은 man <명령>이나 <명령> --help로 설명을 볼 수 있다. man 화면은 q로 나간다.