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Notes on computational chemistry — ORCA, LAMMPS, Quantum ESPRESSO, and the scripting around them.

PPPM+slab vs MSM — 같은 Cu/벤젠·에탄올 계를 kspace만 바꿔 4 ns 돌렸더니

UROPS 때 돌린 OPLS-AA 벤젠/에탄올–Cu 슬랩 두 run은 입력 파일 diff가 kspace 세 줄뿐이다. 프로덕션 궤적 4 ns를 다시 분석해 보니 첫 흡착층 구조는 두 방법이 구분이 안 되고, 비용은 MSM이 1.6배 비쌌다. 그리고 정작 중요한 건 다른 데 있었다 — 첫 층 조성의 통계 오차가 두 방법의 차이보다 훨씬 컸고, 벌크가 평평하지 않으면 표면 과잉량은 정의조차 되지 않는다.

LAMMPS 덤프에서 z-밀도 프로파일 뽑기 — ASE + pandas 40줄, 그리고 fix ave/chunk와 맞춰 보기

슬랩 시뮬레이션 후처리의 출발점인 z-방향 수밀도 프로파일을 ASE와 pandas로 직접 계산하는 짧은 스크립트. 같은 Cu(100) 슬랩에 대해 LAMMPS fix ave/chunk 결과와 빈 단위로 대조해서 어디가 같고 어디가 다른지 확인하고, 그 위에 얹을 표면 과잉량 함수까지 정리했다.